安徽中医药高等专科学校前身是始建于1960年的“芜湖市中医学校”。2001年，学校独立升格并于次年经教育部批准，在全国同类院校率先更名为“安徽中医药高等专科学校”。为整合卫生教育资源，壮大学校实力，2006年，市政府将芜湖市中医医院成建制划归学校作为直属附属医院;2012年，附属市牙病防治所成功创建附属口腔医院(芜湖市口腔医院)。经过50多年的建设与发展，学校已经成为具有鲜明中医药特色的地方性高等院校，2010年，学校成功创建了“安徽省示范性高等职业院校”;2015年，学校在省级示范性高职院校项目验收和人才培养工作个性化评估中获得“优秀”等次。
学校现为教育部中医药职业教育教学指导委员会副主任委员单位、全国中医药职业
