南京医科大学创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。学校是江苏省属重点建设高校。2015年9月，获准成为首批教育部、国家卫生计生委与省政府共建医学院校。
学校设有19个学院(部)和1个独立学院——康达学院。拥有23所附属医院和50多所教学医院。学校现有在职教职工1700多人，其中学校编制专任教师884人。有教授212人、副教授303人，有博士生导师730人、硕士生导师2405人(含附属医院)。学校现有中国工程院院士1名，美国国家医学院外籍院士1名，“长江学者”特聘教授
