安徽中医药大学创建于1959年，其前身为1952年创立的安徽省中医进修班(学校)。1959年，安徽省政府正式批准成立安徽中医学院，郭沫若先生题写校名。1970年，安徽中医学院并入安徽医学院。1975年，国家教育部批准恢复安徽中医学院。2000年，安徽省医药学校并入安徽中医学院。2011年，省政府批准在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。2013年，教育部同意安徽中医学院更名为安徽中医药大学。
学校是国家中医临床研究基地、国家中药现代化科技产业(安徽)基地、国家中医药国际合作基地、国家药品临床研究基地、国家博士授权单位、硕士研究生推荐免试单位。2005年以良好成绩通过国家教育部本科教学工作水平评估，2009年、2016年学校
