基础医学院的前身是基础医学部, 伴随着我校近50年的发展历程，历经整合变迁与发展，形成了今天的格局。现下设11个教研室，6个实验中心，其中国家中管局重点学科1个、省教育厅重点学科1个、校级重点学科1个；省级精品课程3门、校精品课程4门；规范化教研室3个，规范化实验中心4个。拥有国家中管局二级实验室4个，国家中管局三级实验室1个，陕西省重点实验室1个，省级教学团队1个，省级研究所1个，研究室4个（其中省级1个、校级3个）。该院基础医学实验教学中心为“陕西省实验教学示范中心”。该院现有专职教师87人，其中教授18人，副教授36人，讲师27人，助教6人；实验技术人员18人，其中高级实验师4人，实验师9人，助理实验师5人；博士生导师4人，硕士生导师27人。
1999年被确定为陕西省重点学科，2009年被确定为国家中医药管理局重点学科。2003年所承担的《中医基础理论》课程被评为陕西省首批“精品课程”，2007年教学团队被评为省级教学团队。经过多年的建设，该学科形成了3个稳定的研究方向，先后获得41项国家或省部级科研课题的支持。近5年发表学术论文182篇、出版专著和教材39部，承担各级各类科研课题48项，获得各类奖励21项。方剂学科 教学队伍实力雄厚，近5年主持国家级、省部级、厅局级的科研课题26项。获得省级优秀教材1部，省级优秀教学成果奖6项，校级优秀教学成果奖8项。该学科相继于2005年、2006年被确定为“校级重点学科” 、“校级精品课程”，2008年被评为省级精品课程，同年被评为校级“教书育人”先进集体。
护理系成立于2004年6月，下设党政工作办公室、基础护理学教研室和临床护理学教研室；实践教学基地有护理模拟实训中心和附属医院。临床实习医院有中山大学第一附属医院、广州中医药大学第一附属医院、西安交通大学第一、第二附属医院等分布在全国的14家三级医院，为学生提供了良好的学习条件和就业机会。该系现有专兼职教师53人，师资队伍结构合理，教学科研力量强，团结协作，师德优良。
根据社会发展需求，我校于2006年开设了护理学本科专业涉外护理方向。学生入学后根据英语成绩分为普通和涉外护理两个培养方向，后者是护理系重点建设的特色专业。培养学生既能掌握现代护理学知识和技能，又能熟练掌握公共英语、护理专业英语以及涉外护理知识，具有一定的医学、人文社会科学和自然科学基础理论和知识，毕业后从事涉外护理、护理临床、护理科研、护理教育、护理管理、社区护理、专业外文编辑翻译出版等工作的高素质国际型护理人才。课程结构借鉴国外护理教育及实践的成功经验，加大人文课程的比重，提高学生的整体素质，满足社会对涉外护理人才的需求。部分专业课和专业基础课采用双语教学，并且有外籍教师教授英语口语。学校广泛开展国际交流，积极寻找与海外护理教育的合作，为毕业生提供可靠的海外工作和深造的机会。目前学生在外资或合资医院、学校、出版社就业情况良好。
我校自2001年开始招收英语专业本科生，培养方向为中医药对外交流。现有在校生366名。2004年6月成立英语系，目前，有教职工41人，其中教授3人、副教授3人，讲师26人，硕士研究生学历以上33人（含在读），外籍教师3人。该系设有大学英语教研室、英语专业教研室、医学英语教研室和语音实验中心等。
该系设有预防医学、流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、健康教育与社会医学、基础心理学、医学心理学等6个教研室，心理宣泄室、音乐放松室、团体训练室、沙盘游戏室等4个训练、测试功能室，预防医学（样品处理实验室、理化生物分析实验室）、应用心理学（基础与医学心理学实验室、行为观察实验室、心理咨询实验室、模拟教学实验室）2个实验中心，1个实训中心，1个心身健康教育研究室，总面积500多 平方米。
人文科学系开设汉语言文学、公共事业管理两个本科专业，中医医史文献专业1个硕士点，下设语言文化教研室、文艺学教研室、文学教研室、写作与文秘教研室、管理学教研室、社会学教研室、医古文教研室、医学史与各家学说教研室等8个教研室，中医药文化研究室1个校级研究室。建有1个人文学科学术交流中心，1个医史文化教育中心，1个资料室。另有1个陕西中医学院文学艺术研究会、1个东方红艺术团、1个大学影像制作中心。中医药文化传承与发展研究中心为省级哲学社会科学重点研究基地，中医药文化学科为省级特色学科，医古文为省级精品课程，中医人文学为校级重点学科。现主持科研项目15项，经费160余万元。
该系共有专兼职教师57名，其中教授和研究员13名，副教授和副研究员16名，二级美术师1名，讲师22名，助教5名；博士学位13名，硕士学位23名；硕士研究生导师6名。
该系设有临床检验学教研室、免疫及检验学教研室、病原微生物及检验学教研室、医学影像诊断教研室、医学影像技术教研室、医用物理学教研室及口腔医学教研室；医学检验学实验中心、医学影像学实验中心及口腔医学实验中心；并在陕西中医学院附属医院、第二附属医院设有医学检验临床实验实训中心、医学影像学临床实验实训中心及口腔医学临床实验实训中心。该系与我校附属医院、第二附属医院共同进行教学、科研和学科建设，承担硕士研究生、本科生等不同层次31门基础课、专业课程的教学工作。
该系近年来承担国家级、省部级、厅局级课题13项，获省部级奖12项，国家、省部级科技成果奖23项。免疫学为省级精品课程、校级重点学科。医学检验专业师资力量雄厚，办学条件好，教改成效显著，专业特色鲜明，教学质量不断提高，已成为西北地区医学检验专业人才培养的重要基地。2010年被遴选为陕西省特色专业建设点。医学检验、医学影像学专业发展前景广阔，就业率高，学生毕业后能在各级医院、血站、疾病控制中心、海关及检疫等部门从事医学检验、医学影像及医学实验室工作。
中医临床医学院
中医临床医学院前身中医系，2008更名为中医临床医学院，是我校建校之初设立的主干院系，拥有传统优势专业——中医学专业，是西北地区乃至全国中医临床类人才培养的重要基地。中医学专业2002年被授予“陕西省普通高等学校名牌专业”，2007年被确定为陕西省高等学校特色专业建设点，2009年被国家教育部、财政部确定为全国高等学校“特色专业”。2007年经陕西省教育厅批准在我校中医学专业建立“中医临床人才培养模式创新实验区”，目前实验区已连续组建五届中医实验班，取得了显著的成效。该专业2009年完成陕西省教育厅“中医学创新人才培养模式的改革与探索”课题，并获得我校09年度教学成果一等奖。中医临床人才培养模式创新实验区前期改革成果“院校教育与师承教育相结合的中医临床人才培养模式的构建与实践”荣获2011年度陕西省高等教育教学成果一等奖。
该院现有在编教师61人，其中教授、主任医师20名，副教授、副主任医师24名。教师中具有博士学位者18名，具有硕士学位者31名，在职攻读博士学位者2名，硕士以上学位人员比例达到80.3%。专业所属学科中有“国医大师”1人，兼职博士生导师6人，享受政府特殊津贴专家5人，全国名老中医药专家学术经验继承项目指导老师5人，陕西省名老中医药专家学术经验继承项目指导老师6人，陕西省教学名师2人，陕西省名老中医、名中医6人。其中担任全国专业学会委员、 理事、主任、副主任11人，陕西省中医学会主任、副主任委员、理事10人。
中医学专业主干课程《中医基础理论》、《方剂学》、《中医内科学》、《中医诊断学》、《中药学》、《伤寒论》先后被批准为陕西省普通高校精品课程，《温病学》为校内精品课程。中医基础理论教学团队、中医内科学科教学团队、中药学教学团队、中医骨伤学科教学团队先后被批准为陕西省优秀教学团队，中医骨伤实验中心被批准为陕西省实验示范教学中心。中医妇科实训中心、中医骨伤科实验中心、中医临床基础经方研究实验室是中央与地方共建的重点实验教学中心。中医内科脑病学科、脾胃病学科、中医妇科学是国家中医药管理局重点建设学科，中医骨伤科是卫生部首批批准建设的重点专科。中医骨伤学科、中医临床基础（伤寒论）为陕西省重点建设学科。中医内科学、温病学是校内重点建设学科。
该院教师参与编写人民卫生出版社、中国中医药出版社、中国医药科技出版社、上海科技出版社等组织出版的卫生部十二五规划教材、西部精品教材、中医药类精编教材39人次，其中担任主编4人，担任副主编8人。近三年出版专著、编著、教材16部，其中主编6部，副主编1部。在编教师主持的各级各类在研科研课题共有51项，其中国家自然科学基金课题6项，省部级课题13项，厅局级课题32项；近三年获得国家专利1项，获得陕西省高等教育教学成果一等奖1项，二等奖1项；获得陕西省高校优秀教材二等奖1项，获得省级科研成果奖4项，市级科研成果奖3项。
中医临床医学院遵循以人为本，质量立院，从严治学的宗旨，狠抓内涵建设，突出中医特色，着力于人才培养模式等一系列教学改革，不断提高人才培养质量。目前在校学生1975名，其中本科生 1257名，留学生29名，专科生403名，硕士研究生286名。近三年，本科学生考研率达到25%~30%。建校以来，该院已毕业学生近7000余名，分布在全国各地，其中大多数已成为医疗、教学、科研、管理岗位上的骨干，为中医学事业的继承与发展发挥着重要作用。
中西医临床医学院
中西医临床医学院是我校三大临床医学院系之一，是实力雄厚、设备先进、管理规范的教学单位，是教学、科研、医疗的重要基地。于2006年被批准为一级学科硕士学位授予点。
该院前身为中西医临床医学系，2007年更名为中西医临床医学院。所设中西医临床医学专业，早在上世纪九十年代初即已经开始招生，截止目前已连续招生19届。近20年来，共培养研究生、本科生、专科生6000余人，是深受学生家长和社会各界广泛欢迎的专业。现有在校生1338人（其中研究生292人）。
该院下设中医诊断学教研室、诊断学教研室、中西医结合基础教研室、中西医结合临床教研室、肿瘤学教研室及诊断学实验中心、中医诊断学研究室、中西医结合肾脏病研究室等。有专兼职教师120多人，其中专职教师34人中，具有教授职称8人，副教授6人，讲师16人，具有博士学位5人，硕士学位18人，在读博士2人。马居里教授被陕西省政府授予“陕西省名中医”称号。该院现有硕士研究生导师74人，目前有在研课题18项，其中国家级2项，省部级4项。
中西医临床医学专业2005年被陕西省人民政府授予陕西省普通高等学校名牌专业称号；“中医诊断学”为国家中医药管理局重点学科；《中医诊断学》被评为陕西省精品课程；《西医诊断学》被评为校级精品课程。
临床医学院
临床医学院于2001年首届招生，经过十余年的努力，规模迅猛发展壮大。现有教职工126名，具有副高级以上职称41人，具有硕士研究生以上学历者77人。现有在校生1600名。学生具有扎实的基础理论，熟练的临床操作技能，毕业生深受用人单位认可，多数能在二级甲等以上医院就业，年平均就业率达95%。近五年来学生考研上线率逐年上升达67.6%。
该院现拥有内科学、外科学、妇产科学、儿科学、五官科学等教研室，教研室主任由专家教授、博士研究生等担任。妇产科学于2007年荣获省级精品课程，外科学荣获校级精品课程。近3年来，该院教师拥有国家级课题15项，省部级课题37项，厅局级课题52项；发表论文400余篇，其中核心150余篇；出版专著18部；各项成果奖40余项。临床医学院院长、国家中医药管理局重点学科妇科带头人贺丰杰教授，承担国家及省部级科研项目8项，获专利2项，主编规划教材及专著10部，发表论文80余篇。获“陕西省教学名师”，“陕西中医学院十大名师”，兼任陕西省级精品课程《妇产科学》负责人，陕西省中德医学会理事、陕西省中西医结合学会妇科专业委员会委员、咸阳市政协委员。
2006年7月临床医学专业被陕西省人民政府授予“陕西省普通高等学校名牌专业”。2011年5月我院获取临床医学硕士学位授权单位。
该院的实践操作训练基地——临床医学模拟实训中心于2004年建成并投入使用，固定资产700余万，设有内科学实训中心、外科学实训中心和妇产科学实训中心3个部分。临床模拟实训中心实验室设备达到国内一流水平，形成了师资力量雄厚，教学、实验设施、设备齐全的现代化教学体系。
临床医学专业学制五年，教学实行3+2教学模式（即3年通识教育及学科基础教育，2年专业方向教育及实践教育）。基础理论和专业课程均由多年从事教学、临床工作的资深专家、教授任教。学生理论功底深厚，实践技能扎实，毕业后能成为医疗、教学、科研及管理工作的高级专门人才。
药学院
药学院前身中药系始建于1973年，1989年更名为药学系，2008年更名为药学院。现有中药学、制药工程、药物制剂、市场营销4个本科专业；中药制药技术、药品经营与管理2个高职专业，其中，中药学专业2003年被陕西省人民政府命名为陕西省名牌专业。设有中药学1个一级学科硕士点，涵盖中药学、中药药理、中药药剂、中药鉴定、中药炮制、中药化学等6个二级学科17个硕士研究生招生方向。
该院师资力量雄厚，现有教工85人，其中正高职称15人，副高职称24人，中级职称26人，初级职称20人。师资队伍中博士16人，在读博士4人。学科门类齐全，具有“中药药理学”、“临床中药学”2个国家中医药管理局重点学科，“中药制药学”1个省级重点学科，“中药化学”、“生药学”为校级重点学科。“中药学”为省级精品课程，“中药药理学”、“中药化学”2个校级精品课程。学科科研基地有陕西中医学院药物研究所、陕西省中药饮片技术工程研究中心、陕西省中药基础与新药研究重点实验室、陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心（陕西省科技厅“13115”科技创新工程技术研究中心）、国家中管局三级实验室等。
该院下设17个二级机构，包括中药教研室、药理教研室、生药教研室、中药化学教研室、中药药剂教研室、中药炮制教研室、化学教研室、制药工程教研室、药品经营与管理教研室、分析测试实验中心、生药实验中心、药理实验中心、制药工程实验中心、中心仪器室、中药标本馆、国家药品临床研究基地II期测试实验中心、药学院党政办公室。
“三十年磨一剑”，药学院将一如既往，苦练内功，锐意进取，力争为杏苑添彩，为岐黄争光。
针灸推拿系
针灸推拿系始建于1980年。从建系至今，已为国家培养本科毕业生26届计1112余人，培养硕士研究生26届计138名，其中多名考取了博士研究生。现有在读本专科生1198余人，硕士研究生79人，留学生18人。
该系现有专兼职教师26人（含硕士研究生导师8人），其中高级职称11人，博士生学位6人。设有针灸推拿学、康复治疗学2个学科；下设针灸基础、针灸临床、实验针灸、推拿、康复医学5个教研室和1个实验中心，该中心有经穴效应测定室、刺法灸法演示室、针灸实验室、康复医学实验室和推拿示教室。
该系经过三十余年的努力，在教学、科研、临床等方面取得了丰硕的成果。该系教师先后担任了多部全国统编、协编教材及其教参的主编、副主编和编委。先后荣获优秀教学成果奖5项，其中省（部）级奖1项。承担各级各类科研项目30余项，其中国家级项目5项，获各级科研成果奖10余项，其中省（部）级奖5项。
随着针灸跨出国门，走向世界，该系曾先后派出多名教师出国讲学、进行学术交流以及医疗活动。邀请并接待国外专家进行学术交流，面向港、澳、台及海外培养了多名硕士研究生。
该系教学、科研实力雄厚。2004年、2006年针灸推拿学专业分别被授予陕西省普通高等学校名牌专业、陕西省特色专业荣誉称号，2009年康复治疗技术被评为省级重点专业。2005年、2009年《针灸学》、《刺法灸法学》被评为陕西省精品课程，2006年《实验针灸学》被评为校级精品课程，针灸推拿学被确定为校级重点学科。
该系重视人才培养，不断提高教师的教学实践水平，坚持不断开展第二课堂及课外活动，培养出了具有综合素质高、专业能力强的具有社会竞争力的应用型人才，受到社会的广泛欢迎；2009-2011年，针灸推拿学专业的考研升学率均达35%以上，针灸推拿学专业和康复治疗学专业的平均就业率分别达到了90%和93%。
