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专业面向国家医药产业发展趋势与人才需求， 以生物制药、高分子药物为特色方向，培养能够在制药工程 相关领域从事药物设计、新药研发与生产管理的工程技术人才。专业前身是 1995 年南京化工学院生物化工专业设立的 微生物制药方向，1998 年成立制药工程专业。2012 年入选 教育部“卓越工程师教育培养计划”试点专业、2019 年入选 国家首批一流本科专业。2015、2018 年两次通过中国工程 教育专业认证。近年来培养了 300 余名行业中坚和科技领军 人才，如江苏柯菲平医药董事长秦引林、南京新工投资集团 总经理王雪根等。