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本专业始于1991年设置的发酵工程专业，1997年调整为生物化学工程专业，1999年调整为生物工程专业，是安徽省教改示范专业，安徽省专业综合改革试点专业。生物工程专业学科为学校博士学位授权立项支撑学科，是安徽省唯一的学术型、专业型一级学科硕士授权点。